1981年11月6日，云南省人民政府《关于建立自然保护区的通知》(云政发〔1981〕310号)，将泸沽湖列入云南省22个自然保护区之一。

1986年3月20日，云南省人民政府以《关于建立哀牢山等十三个自然保护区(点)的批复》(云政函〔1986〕23号)，正式批准同意建立云南宁蒗泸沽湖省级自然保护区，核定人员编制并下拔经费，批复面积为8126.67 hm²(12.19万亩)。

1986年11月18日，宁蒗县人民政府《关于成立泸沽湖省级自然保护区管理委员会的通知》(宁政通〔1986〕78号)，批准成立泸沽湖自然保护区管理委员会，属林业事业单位，由县林业局直接领导，下设泸沽湖自然保护区管理所、泸沽湖自然保护区水产管理所、森林公安派出所，核定编制人员20人，保护区保护管理工作正式启动。

2001年，泸沽湖自然保护区管理所正式更名为“云南泸沽湖省级自然保护区管理局”，为二级局，全面负责保护区的管理工作。

2016年，根据《丽江市机构编制委员会关于设置丽江市省级自然保护区管护机构的通知》(丽机编〔2016〕3号)文件精神，设立泸沽湖省级自然保护区管护局，为丽江市林业局下属副处级事业单位，事业编制人员20人。